江蘇省檔案館系省級國家綜合檔案館，全國首家國家一級檔案館。成立于1958年8月，原名為“江蘇省國家檔案館”，館址設在南京市中山北路32號（原國民政府外交部大樓內）。隸屬江蘇省人民委員會，業務受國家檔案局指導。1959年1月，中共中央《關于統一管理黨政檔案工作的通知》發布后，江蘇省國家檔案館更名為“江蘇省檔案館”，成為黨政檔案合一管理的文化事業機構，隸屬中共江蘇省委、省政府，由省委秘書長直接領導。館內分設黨群機關檔案管理組和政府機關檔案管理組。

1960年，經國務院批準成立江蘇省檔案管理局，與江蘇省檔案館合署辦公，為一級局，正廳級，下設辦公室、一般檔案指導組、技術檔案指導組、利用研究組、整理保管組。1961年，館址遷至南京市馬鞍山一號。文革初期機構撤消，僅留4人看管檔案。1969年成立江蘇省革命委員會檔案館，內設保管、調研、行政3個組，館址遷到南京市青島路1號，同年在盱眙縣建立一座戰備后庫（718庫）。1978年7月，中共江蘇省委決定恢復檔案局，與省檔案館合署，下設辦公室、業務指導處、檔案處（即檔案館）。1982年12月，718庫移交省司法廳使用。

1984年機構改革，局館仍實行“兩塊牌子，一套班子”的合署體制，副廳級，列入政府編制序列；內設征集、管理、編研和技術4個部門。1990年6月，江蘇省檔案局與省檔案館分開。省檔案局作為省政府的職能部門，內設一處（文書檔案管理處）、二處（科技檔案管理處）、三處（法制教育處）、辦公室。省檔案館為省委、省政府直屬文化事業單位，內設管理部、技術部、編研部、征集部、辦公室5個部門。1995年8月，根據省委、省政府印發的蘇發〔1995〕20號文件，江蘇省檔案館與江蘇省檔案局合并，為省委、省政府直屬正廳級事業單位，由省委辦公廳管理，列編制101人。內設機構9個，包括辦公室和人事處2個綜合處室，6個職能處室。2001年5月，按照省編委批準的省檔案局、館機構調整方案，局館內設辦公室、人事處（老干辦）、機關黨委(工會)、業務指導處、科技處、法規宣教處、征集接收處、社會事業處、管理部、利用部、保護技術部等共有11個機構，以及數字檔案中心、檔案展覽陳列館2個直屬事業單位。江蘇省檔案館2002年成為國際檔案理事會東亞地區分會成員單位，2004年掛牌省級愛國主義教育基地。

2018年10月，根據中辦、國辦印發的《江蘇省機構改革方案》，省檔案局（省檔案館）的行政職能劃轉給省委辦公廳，不再保留省檔案局，省檔案館作為省委直屬事業單位。2019年11月，根據省委辦公廳印發的蘇辦〔2019〕107號文，江蘇省檔案館為中共江蘇省委直屬事業單位，正廳級，列編制126人，內設機構12個，設館長1名，副館長4名。直屬公益一類事業單位2個，全額撥款事業編制31名。2020年3月，經省委組織部重新認定，省檔案館為參照公務員法管理單位。2022年5月23日，江蘇省檔案館遷址南京市夢都大街36號。